Hoàng Đế nội kinh được nhắc đến đầu tiên trong Hán thư (được hoàn thành vào năm 111), bên cạnh Hoàng Đế ngoại kinh hiện đã không còn tồn tại. Học giả, y sĩ Hoàng Phủ Mịch (皇甫謐, 215-282) là người đầu tiên tuyên bố rằng Hoàng Đế nội kinh được nhắc đến trong Hán thư tương ứng với hai bộ sách khác nhau lưu hành trong thời đại của ông, là: Tố vấn và Châm kinh (鍼經), mỗi bộ bao gồm 9 quyển.[2] Các học giả tin rằng Châm kinh là tiền thân của Linh khu, nên họ đồng ý rằng vào triều đại nhà Hán, Hoàng đế nội kinh được tạo thành từ hai bộ sách khác nhau có nội dung gần với các tác phẩm mà chúng ta biết ngày nay là Tố vấn và Linh khu.

Hoàng Đế nội kinh là tài liệu cổ quan trọng nhất của nền y học cổ truyền Trung Quốc, cũng là một cuốn sách chính về triết lý và lối sống của đạo sĩ.

Nội kinh rời khỏi niềm tin cũ của các pháp sư rằng bệnh tật là do ảnh hưởng của ma quỷ. Thay vào đó, những tác động tự nhiên của chế độ ăn uống, lối sống, cảm xúc, môi trường và tuổi tác là các nguyên nhân khiến bệnh tật phát triển. Theo Nội kinh, vũ trụ bao gồm nhiều lực lượng và nguyên tắc khác nhau, chẳng hạn như âm dương, khí và ngũ hành. Những lực lượng này có thể được lý giải thông qua các phương tiện hợp lý và con người có thể giữ cân bằng hoặc trở lại cân bằng bằng cách hiểu biết quy luật của các lực lượng tự nhiên này. Con người là một vũ trụ thu nhỏ phản chiếu vũ trụ lớn hơn. Các nguyên tắc âm dương, ngũ hành, các yếu tố môi trường như gió, ẩm ướt, nóng, lạnh là một phần của vũ trụ lớn cũng có thể được áp dụng cho vũ trụ nhỏ của con người.